CRUP: a comprehensive framework to predict condition-specific regulatory units

  1. Ramisch, Anna
  2. Heinrich, Verena
  3. Glaser, Laura V.
  4. Fuchs, Alisa
  5. Yang, Xinyi
  6. Benner, Philipp
  7. Schöpflin, Robert
  8. Li, Na
  9. Kinkley, Sarah
  10. Römer-Hillmann, Anja
  11. Longinotto, John
  12. Heyne, Steffen
  13. Czepukojc, Beate
  14. Kessler, Sonja M.
  15. Kiemer, Alexandra K.
  16. Cadenas, Cristina ORCID logo
  17. Arrigoni, Laura
  18. Gasparoni, Nina
  19. Manke, Thomas
  20. Pap, Thomas
  21. Pospisilik, John A.
  22. Hengstler, Jan ORCID logo
  23. Walter, Jörn
  24. Meijsing, Sebastiaan H.
  25. Chung, Ho-Ryun
  26. Vingron, Martin ORCID logo

Download
document.pdf 2,46MB
WeightNameValue
1000 Titel
  • CRUP: a comprehensive framework to predict condition-specific regulatory units
1000 Autor/in
  1. Ramisch, Anna |
  2. Heinrich, Verena |
  3. Glaser, Laura V. |
  4. Fuchs, Alisa |
  5. Yang, Xinyi |
  6. Benner, Philipp |
  7. Schöpflin, Robert |
  8. Li, Na |
  9. Kinkley, Sarah |
  10. Römer-Hillmann, Anja |
  11. Longinotto, John |
  12. Heyne, Steffen |
  13. Czepukojc, Beate |
  14. Kessler, Sonja M. |
  15. Kiemer, Alexandra K. |
  16. Cadenas, Cristina |
  17. Arrigoni, Laura |
  18. Gasparoni, Nina |
  19. Manke, Thomas |
  20. Pap, Thomas |
  21. Pospisilik, John A. |
  22. Hengstler, Jan |
  23. Walter, Jörn |
  24. Meijsing, Sebastiaan H. |
  25. Chung, Ho-Ryun |
  26. Vingron, Martin |
1000 Erscheinungsjahr 2019
1000 LeibnizOpen
1000 Publikationstyp
  1. Artikel |
1000 Online veröffentlicht
  • 2019-11-08
1000 Erschienen in
1000 Quellenangabe
  • 20:227
1000 FRL-Sammlung
1000 Copyrightjahr
  • 2019
1000 Lizenz
1000 Verlagsversion
  • https://doi.org/10.1186/s13059-019-1860-7 |
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6839171/ |
1000 Ergänzendes Material
  • https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1860-7#Sec67 |
1000 Publikationsstatus
1000 Begutachtungsstatus
1000 Sprache der Publikation
1000 Abstract/Summary
  • We present the software Condition-specific Regulatory Units Prediction (CRUP) to infer from epigenetic marks a list of regulatory units consisting of dynamically changing enhancers with their target genes. The workflow consists of a novel pre-trained enhancer predictor that can be reliably applied across cell types and species, solely based on histone modification ChIP-seq data. Enhancers are subsequently assigned to different conditions and correlated with gene expression to derive regulatory units. We thoroughly test and then apply CRUP to a rheumatoid arthritis model, identifying enhancer-gene pairs comprising known disease genes as well as new candidate genes.
1000 Sacherschließung
lokal Gene regulation
lokal Epigenetics
lokal 3D interaction
lokal Random forest
lokal Enhancer prediction
lokal Enhancer dynamics
lokal Differential analysis
lokal Histone modification
1000 Fächerklassifikation (DDC)
1000 Liste der Beteiligten
  1. https://frl.publisso.de/adhoc/uri/UmFtaXNjaCwgQW5uYQ==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/SGVpbnJpY2gsIFZlcmVuYQ==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/R2xhc2VyLCBMYXVyYSBWLg==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/RnVjaHMsIEFsaXNh|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/WWFuZywgWGlueWk=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/QmVubmVyLCBQaGlsaXBw|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/U2Now7ZwZmxpbiwgUm9iZXJ0|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/TGksIE5h|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/S2lua2xleSwgU2FyYWg=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/UsO2bWVyLUhpbGxtYW5uLCBBbmph|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/TG9uZ2lub3R0bywgSm9obg==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/SGV5bmUsIFN0ZWZmZW4=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/Q3plcHVrb2pjLCBCZWF0ZQ==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/S2Vzc2xlciwgU29uamEgTS4=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/S2llbWVyLCBBbGV4YW5kcmEgSy4=|https://orcid.org/0000-0003-3374-6418|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/QXJyaWdvbmksIExhdXJh|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/R2FzcGFyb25pLCBOaW5h|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/TWFua2UsIFRob21hcw==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/UGFwLCBUaG9tYXM=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/UG9zcGlzaWxpaywgSm9obiBBLg==|https://orcid.org/0000-0002-1427-5246|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/V2FsdGVyLCBKw7Zybg==|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/TWVpanNpbmcsIFNlYmFzdGlhYW4gSC4=|https://frl.publisso.de/adhoc/uri/Q2h1bmcsIEhvLVJ5dW4=|https://orcid.org/0000-0002-1765-4241
1000 Label
1000 Förderer
  1. Bundesministerium für Bildung und Forschung |
1000 Fördernummer
  1. 01KU1216C; 01IS18037G
1000 Förderprogramm
  1. Deutsches Epigenom Programm (DEEP)
1000 Dateien
1000 Förderung
  1. 1000 joinedFunding-child
    1000 Förderer Bundesministerium für Bildung und Forschung |
    1000 Förderprogramm Deutsches Epigenom Programm (DEEP)
    1000 Fördernummer 01KU1216C; 01IS18037G
1000 Objektart article
1000 Beschrieben durch
1000 @id frl:6420998.rdf
1000 Erstellt am 2020-05-18T16:11:33.387+0200
1000 Erstellt von 254
1000 beschreibt frl:6420998
1000 Bearbeitet von 122
1000 Zuletzt bearbeitet 2020-05-20T10:58:06.153+0200
1000 Objekt bearb. Wed May 20 10:57:47 CEST 2020
1000 Vgl. frl:6420998
1000 Oai Id
  1. oai:frl.publisso.de:frl:6420998 |
1000 Sichtbarkeit Metadaten public
1000 Sichtbarkeit Daten public
1000 Gegenstand von

View source